På årsmødet uddeles traditionen tro også den prestigefyldte Marie og August Krogh Prisen, som gives til en fremragende dansk, sundhedsvidenskabelig forsker. Prisen blev oprettet i 1969 af Novo Nordisk Fonden og Lægevidenskabelige Selskaber og er på 1,5 mio. kr., opdelt i 250.000 kr. som en personlig pris og 1,25 mio. kr. til forskning.
Bestyrelsen i LVS fungerer som priskomité, og pengebeløbet doneres af Novo Nordisk Fonden. Medlemsorganisationerne i LVS kan indstille kandidater til prisen. Den seneste prismodtager var professor Børge Nordestgaard.